主要包含表面的清潔、固定、漂洗以及脫水等過程，基本上和透射電鏡樣品的處理方法比較類似，但也有它特別的地方。

　　掃描電子顯微鏡樣品的處理過程第一點(diǎn)，樣品大?。核腥〉臉悠繁韧干潆婄R樣品稍微大一點(diǎn)，是八至十平方毫米，高大概是五毫米。

　　掃描電子顯微鏡樣品的處理過程第二點(diǎn)，清潔表面：清潔表面并且充分暴露樣品表面。經(jīng)常使用的清洗液有蒸餾水、生理鹽水、緩沖液還有含酶的清洗液等。

　　掃描電子顯微鏡樣品的處理過程第三點(diǎn)，固定和脫水：經(jīng)常使用的固定方法是戊二醛-四氧化餓雙重固定，也可以用戊二醛單固定法。

　　經(jīng)常使用的脫水劑是乙醇或者丙酮。脫水劑濃度梯度增加，從百分之三十或者百分之五十開始到百分之百進(jìn)行脫水；容易變形樣品脫水劑濃度梯度宜緩慢遞增。

　　第四點(diǎn)，樣品的干燥：脫水之后，需要把樣品中的脫水劑全部揮發(fā)干凈，那么也就是樣品干燥。它的方法有：空氣干燥、真空干燥、冷凍干燥還有臨界點(diǎn)干燥。

　　最后第五點(diǎn)，樣品表面導(dǎo)電處理：用金屬鍍膜法還有組織導(dǎo)電處理技術(shù)，首先是能夠增強(qiáng)導(dǎo)電能力，消除荷電效應(yīng)；其次是增加樣品表面二次電子發(fā)射率，加強(qiáng)訊號以及提升圖像反差。